仅需一招,轻松搞定R包 [复制链接]

最近很多人问我的问题都是R包安装的问题。在之前R包只要更新到最新版本，且能够联网，就可以轻松安装。，但现在随着R的功能越来越多，越来越强大。R包也越来越难安装了。并且什么人都可以开发发布R包，很多垃圾包也占用很多戏份。目前R包安装牵扯到配置依赖环境，越来越走向开源软件的通病了，所以，我一般都推荐使用bioconda来安装。但是有涉及到很多版本问题。这次内容，我们介绍一种解决方法。如果能用就用，用不了就别做了。不要问我实验室网速慢怎么解决，难道我还得去帮你办个千兆网络吗。

利用bioconda安装R

R的包一般都是以r-开头的，比如R语言本身为r-base。

利用bioconda安装R与R包

1、配置R源

#查看当前配置哪些源$condaconfig--showchannels#添加R源$condaconfig--addchannelsr

2、安装R

#查看系统当前R版本$whichR/usr/bin/R#利用conda搜索R$condasearchr-baseLoadingchannelsone#NameVersionBuildChannelr-base3.1.20pkgs/rconda-forger-base3.6.3h7ed4ef7_0conda-forger-base3.6.3h7ed4ef7_1conda-forger-base4.0.0hdca_2conda-forger-base4.0.0hdca_3conda-forge#安装R语言$condainstall-cconda-forge-yr-base=4.0.0#再次搜索默认R$whichR~/miniconda3/bin/R

3、安装R包

#搜索deseq2包$condasearchdeseq2LoadingchannelsoneNomatchfoundforeseq2.Searchdeseq2*#NameVersionBuildChannelbioconductor-deseq21.8.2r3.2.2_0biocondabioconductor-deseq21.10.0r3.2.2_0biocondabioconductor-deseq21.10.0r3.2.2_1biocondabioconductor-deseq21.10.1r3.2.2_0bioconda#安装deseq2包$condainstall-ybioconductor-deseq2

R包迁移

R包一般都是一个完整文件，只需要将R包整个文件夹迁移走，一般就可以运行。对R包进行迁移时，尽量保证R版本一致。

该方法只是一种方案，绝大部分包是可以的。但是注意不能将windows系统安装的迁移到Linux下。该方法也不是万无一失，比如R包需要系统一些配置，缺少了还是无法运行。

(base)wangtong10:24:06~#使用自己安装的R$/ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1/bin/R#列出当前R包目录，有两个.libPaths()[1]"/home/wangtong/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1"[2]"/ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1/library"#通过new选项增加新的目录.libPaths(new="/ifs1/Software/miniconda3/lib/R/library")#新的目录增加进来了，这样一下子就多了很多包可以使用.libPaths()[1]"/ifs1/Software/miniconda3/lib/R/library"[2]"/ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1/library"

new选项会去掉之前默认的，可以通过在函数中增加一个向量增加多个目录。

.libPaths()[1]"/home/wangtong/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1"[2]"/ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1/library".libPaths(c(.libPaths(),"/ifs1/Software/miniconda3/lib/R/library")).libPaths()[1]"/home/wangtong/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1"[2]"/ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1/library"[3]"/ifs1/Software/miniconda3/lib/R/library"

注意事项

1、bioconda最好升级到最新版本

condaupdate-nbase-cdefaultsconda

2、R的名字为r-base

3、R包的名字在bioconda中以r-为前缀

4、一些Bioconductor包的名字为bioconductor-前缀

5、如果bioconda安装终端了，再多试几次

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